農村三格化糞池的殺菌消毒工作過程大致分為四個步驟：過濾沉淀、厭氧發酵、固體分解和排泄。

我們的生活污水，首先是流入到塑料化糞池的第一格。在第一格池子里，糞便、寄生蟲卵等物沉淀下來，開始初步的發酵分解。發酵分解后的污水分為三層：浮渣層、比較澄清的糞液，固體狀的糞渣淤泥層。

然后，糞便流入第二個細胞，浮渣漂浮在頂部，污泥沉積在底部，留在第一個池中進一步發酵。在第二格池中，糞便繼續發酵和分解，雞蛋繼續下沉，病原體逐漸死亡，糞便進一步無害，浮渣和污泥的厚度與第一格池相比明顯減小。

最后，進入第三個隔間的糞便通常是成熟的，其中病原體和寄生蟲卵基本上已經被殺死。第三個功能主要是暫時儲存基本無害的糞便。這樣，經過三次脫水后，就可以進入下水道，進入污水處理廠，最后進入河流。